Posiada międzynarodowe centrum, a jego liczne ośrodki, podległe prawu krajów, gdzie mają swoją siedzibę, obejmują, niezależnie od granic państwowych, tereny, na których używa się tego samego języka. W ten sposób istnieje strefa języka francuskiego, angielskiego, niemieckiego, hiszpańskiego, itd. Każdy ośrodek jest określany jako „Wielka Loża”, i podlega władzy Wielkiego Mistrza, wybieranego jednogłośnie przez członków Najwyższej Rady A.M.O.R.C.
Radę Najwyższą A.M.O.R.C. tworzą Wielcy Mistrzowie wszystkich jurysdykcji świata. Podlega ona Imperatorowi, który nią jednocześnie kieruje, będąc osobą umieszczoną najwyżej w hierarchii Zakonu. Tak więc, jest gwarantem Tradycji Różokrzyżowej i nadzoruje działalność administracyjną i mistyczną wszystkich Wielkich Lóż. Wybierany jest przez Radę Najwyższą i piastuje swój urząd tak długo, jak długo jest godnym tego zaszczytu. Aktualny Imperator jest Francuzem.
A.M.O.R.C. ma charakter światowy, bez względu na narodowość. Kierujące nim osoby prowadzą działalność różokrzyżową nie jako obywatele takiego lub innego kraju, lecz jako członkowie organizacji mistycznej, której działalność obejmuje cały świat. Innymi słowy, wszystkie jurysdykcje razem tworzą Zakon i działają jednomyślnie, służąc temu samemu ideałowi. Tak więc nie ma żadnych obediencji w strukturze A.M.O.R.C., ponieważ wszyscy różokrzyżowcy na całym świecie mają te same przywileje, jak i dostęp do tego samego nauczania.
Na własnym terenie każda Wielka Loża zakłada podległe sobie odległe lokalne organizacje, a każda z nich, w zależności od ilości członków i rozmiaru swych działań przyjmuje nazwę Loży, Kapituły lub Pronaosu. Organizacje te otrzymują własny statut z Wielkiej Loży. Członkowie Loży, Kapituły czy Pronaosu spotykają się regularnie w lokalu nazywanym „Świątynią”. Określenie to nie jest pojęciem religijnym, określa jedynie miejsce spotkania, w którym prowadzone są pewne prace mistyczne. Świątynie te, w nawiązaniu do tradycyjnego pochodzenia Zakonu mają często wystrój egipski.
Aby umożliwić spotykanie się, gdy tego pragną, członkom różnych Lóż, A.M.O.R.C. organizuje regularnie Światowe Konwenty, w czasie trwania których wszystkie Wielkie Loże są reprezentowane przez delegacje złożone ze swych członków i różnych dostojników.
Zakon organizuje również corocznie, w każdej strefie językowej, Konwenty narodowe, pozwalające Różokrzyżowcom mówiącym tym samym językiem spotykać się dla swych celów mistycznych. Dużo rzadziej organizuje się również Konwenty regionalne, które jak sama nazwa wskazuje, dają członkom tego samego regionu możliwość spotkania i poznania się. Każdy Konwent, bez względu na jego wagę, jest jedynie tłem dla braterskiej działalności i różnych prac o charakterze ezoterycznym.
| Oficjalna pieczęć Imperatora |